HH信号是许多发育过程所必需的,并且破坏HH配体正常加工和生物发生的突变可能导致新生儿异常。Shh是与先天性疾病的全华症相关的许多基因之一,这导致脑和颅面发育的异常(Roessler等,2009;在Roessler和Muenke,2011年审查)。与该病症相关的SHH变体影响前体的自催化加工,显着损害了分泌的活性HH-NP,消除信令的产生(在Pan等人,2013中审查)。异常HH信号传导也与宫内渗透综合征有关,其中DHH的棕榈酰泡沫塑料由酰基转移酶HHAT的突变消除(Callier等,2014)。