积分反应完成的机理尚未完全阐明。由in催化的酯交换反应所产生的整合中间体的展开产生一个支链DNA分子。在连接点之间的宿主DNA变性会在每个宿主-病毒DNA连接点产生DNA缺口。这些缝隙如何修复尚不清楚。研究充分的宿主细胞间隙修复酶可以在体外对模型病毒-宿主DNA连接进行修复，提供候选酶。然而，在体内显示重要性的努力是复杂的，因为当突变时，这些功能要么是多余的，要么是致命的。

由于在整合完成时形成的链转移复合物是相当稳定的，因此可能需要一个拆卸步骤来移除整合酶和潜在的其他蛋白质，以便进入间隙修复机制。
为了完成整合的最后阶段，必须移除病毒蛋白质，并修复宿主病毒DNA连接上的缺口。PIC发生的顺序尚不清楚。